2026年10月1日、インボイス制度の経過措置が大きな転換点を迎えます。免税事業者との取引に係る仕入税額控除の割合が現行の80%から70%へと引き下げられます。さらに2026年度税制改正大綱では経過措置のスケジュール自体も見直され、終了時期が2031年9月まで延長されることが示されました。
この記事では、会計事務所の実務担当者・税理士向けに、変更内容・会計処理への影響・今すぐ取るべき対応をわかりやすく解説します。
経過措置の改正後スケジュール（令和8年度税制改正大綱）
令和8年度与党税制改正大綱（令和7年12月19日公表）により、インボイス経過措置のスケジュールが以下のとおり見直されました（出典：税理士法人山田&パートナーズ）。
| 期間 | 控除可能割合 |
|---|---|
| 〜2026年9月30日 | 80%（現行） |
| 2026年10月1日〜2028年9月30日 | 70% |
| 2028年10月1日〜2030年9月30日 | 50% |
| 2030年10月1日〜2031年9月30日 | 30% |
| 2031年10月1日〜 | 経過措置終了（控除不可） |
当初は「2026年10月から50%」と見込まれていましたが、令和8年度改正により段階的な引き下げに変更され、実務上の負担が一定程度緩和されています。
2割特例の終了と「3割特例」の新設
インボイス制度導入に伴い設けられた2割特例（売上税額の2割を納税する特例）は、2026年9月30日をもって終了します（出典：清澄会計事務所コラム）。
代わりに令和8年度税制改正大綱では、インボイス登録により新たに課税事業者となった小規模事業者向けに、納税額を売上税額の3割とする「3割特例」が新設される予定です。
実務への影響
2割特例が終了すると、これまで特例で計算していた事業者についても、原則課税または簡易課税のいずれかで申告する必要が生じます。担当先に2割特例を使っている事業者がいる場合は、2026年9月末までに簡易課税選択届出書の提出要否を確認することが重要です。
80%→70%変更による会計処理への具体的影響
課税仕入れの時期に注意
経過措置の適用割合は「課税仕入れを行った日」が属する期間で判定します（出典：国税庁インボイスQ&A）。
- 商品仕入れ：引渡しがあった日
- 役務提供（サービス）：役務提供が完了した日
2026年9月中に仕入れた商品と10月に仕入れた商品では適用割合が異なるため、月またぎの取引については引渡日・完了日の確認が必須です。
控除できない消費税の会計処理
80%控除の場合、残り20%相当（控除対象外）は費用または雑損失に計上します。70%控除に移行後は、控除対象外が30%相当に増加します。
【処理方法①：一括費用計上】
仕入・仮払消費税等で計上し、決算時に控除対象外消費税を雑損失へ振替します。
【処理方法②：税込処理（費用上乗せ）】
控除対象外消費税を仕入金額に含めて処理する方法。経過措置適用期間中はこちらが簡便な場合もあります（出典：OBC360°「インボイス制度の経過措置｜会計処理はどうする？」）。
2026年10月までに確認すべきチェックリスト
会計事務所として、担当先企業への対応を漏れなく進めるためのチェックポイントです。
【クライアント状況の確認】
- 免税事業者との取引がある担当先をリストアップ
- 2割特例を使用しているクライアントの確認
- 簡易課税選択届出書の要否確認（期限：2026年9月30日）
【システム・会計ソフト対応】
- 使用中の会計ソフトが70%控除に対応しているか確認
- 仕訳テンプレートの見直し（控除対象外消費税の処理）
【月またぎ取引のルール整備】
- 2026年9月〜10月の月またぎ仕入れについて判定ルールを社内共有
まとめ
2026年10月のインボイス経過措置変更は、免税事業者との取引量が多いクライアントほど影響が大きくなります。令和8年度税制改正大綱で経過措置の期間が延長・段階化されたことは一定の緩和ですが、80%→70%の控除率引き下げと2割特例終了が重なるこの時期に、早めの準備と担当先へのアドバイスが求められます。
国税庁のインボイス特設サイトや質疑応答集は随時更新されていますので、最新情報のご確認をお勧めします（出典：国税庁 インボイス制度の概要）。
免責事項：本記事は情報提供を目的としており、具体的な税務判断については必ず税理士等の専門家にご相談ください。また、税法は随時改正されます。最新情報は国税庁等の公式サイトをご確認ください。
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