【令和9年分から適用】インボイス「3割特例」完全解説|2割特例終了後の個人事業者の対応策

「2割特例、もうすぐ終わりますよね?その後はどうなるんですか?」——フリーランスや個人事業主のクライアントから、こんな問い合わせが増えてきている事務所も多いのではないでしょうか。

令和8年度(2026年度)税制改正で新たに創設された「3割特例」は、そのズバリ答えとなる制度です。2割特例の後継措置として設けられたこの特例は、令和9年分(2027年)の消費税確定申告から適用が始まります。法人には適用されない個人事業者専用の措置で、今から内容を整理しておくことが現場対応の近道です。本記事では、国税庁の公式資料をもとに、3割特例の要件・計算方法・簡易課税移行との関係を実務視点でまとめます。


2割特例から3割特例へ──何がどう変わるのか

2割特例の終了時期を正確に押さえる

インボイス制度の開始(令和5年10月)とともに設けられた「2割特例」は、登録をきっかけに課税事業者になった個人・法人が利用できる経過措置でした。納付税額を売上税額の20%に抑えられるシンプルな制度として、特に個人事業者に広く活用されてきました。

この特例の適用終期は令和8年9月30日が属する課税期間までです
令和8年度税制改正特集
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。個人事業者であれば、令和8年分(2026年分)の消費税確定申告(2027年3月申告)が最後の適用機会となります。法人の場合は、令和8年9月30日以前に終了する事業年度が適用の終期です。

「個人事業者専用の後継措置」として3割特例が誕生

2割特例の終了後、小規模個人事業者の負担を引き続き軽減するため、令和8年度税制改正で「3割特例」が創設されました
令和8年度税制改正特集
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ここで押さえたい最大のポイントは、法人はこの特例の対象外という点です。2割特例が個人・法人ともに使えたのに対し、3割特例は文字どおり「個人事業者専用」の制度です。クライアントへの説明の際は、まずこの違いから話し始めると誤解が生じません。


3割特例の中身を整理する

特例の内容:売上税額の「3割」を納付

3割特例を適用すると、消費税の確定申告における納付税額を売上税額の30%とすることができます
令和8年度税制改正特集
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たとえば、年間の売上に係る消費税額が100万円であれば、納付税額は30万円です。2割特例(納付税額=売上税額の20%)と比べると税負担は10%分増えますが、売上税額を把握するだけで申告ができ、インボイスの保存も不要という点は変わりません。原則課税のように仕入税額控除の積み上げ計算をする必要がない分、事務負担はずっと軽くなります。

適用期間は「2年間のみ」の時限措置

区分 適用期間
2割特例 令和5年10月1日〜令和8年9月30日が属する課税期間
**3割特例(新設)** **令和9年分・令和10年分(個人事業者のみ)**
3割特例が使えるのは、令和9年分の確定申告(2028年3月申告)と令和10年分の確定申告(2029年3月申告)の2年間に限られます
令和8年度税制改正特集
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。あくまで経過的な負担軽減措置であり、その先は原則課税か簡易課税に移行することになります。

主な適用要件

国税庁が公表している適用要件は次の3点です
令和8年度税制改正特集
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  1. 個人事業者であること(法人は対象外)
  2. インボイス発行事業者の登録を受けていること
  3. 基準期間の課税売上高が1,000万円以下であること

– 令和9年分の場合:令和7年(2025年)の課税売上高

– 令和10年分の場合:令和8年(2026年)の課税売上高

「インボイス登録さえあれば使える」と思いがちですが、2年前の課税売上が1,000万円以下という条件も必ず確認が必要です。売上が伸びてきたクライアントは要注意です。

適用できないケースも把握しておく

以下に該当する場合は3割特例を使えません
令和8年度税制改正特集
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  • 法人(業種問わず)
  • インボイス発行事業者でない課税事業者
  • 基準期間の課税売上高が1,000万円超の者
  • 調整対象固定資産や高額特定資産の取得により免税事業者になれない者
  • 課税期間を短縮している者

申告手続きは「申告書への記載のみ」

2割特例と同じく、事前の届出は不要です。確定申告書に3割特例の適用を受ける旨を記載するだけで適用を受けられます。


見落としがちな「簡易課税への円滑な移行措置」

3割特例とセットで押さえておきたいのが、簡易課税制度への移行を柔軟にするルール変更です。

通常、簡易課税制度を選択するには適用を受けたい課税期間の初日の前日までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出しなければなりません。令和11年分(2029年分)から簡易課税に切り替えたければ、令和10年12月31日が届出期限です。

ところが令和8年度税制改正により、2割特例または3割特例の適用を受けた翌課税期間から簡易課税に移行する場合は、その課税期間の申告期限までに届出書を提出すれば間に合うことになりました
令和8年度税制改正特集
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たとえば令和10年分(3割特例の最終年)を3割特例で申告し、令和11年分から簡易課税に移りたい場合、令和11年分の申告期限(令和12年4月1日)までに届出書を出せばOKです。

3割特例と簡易課税、どちらが有利か?

業種や仕入れの比率によっては、3割特例よりも簡易課税のほうが税負担を抑えられる場合があります
令和8年度税制改正特集
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簡易課税制度のみなし仕入率を業種別に見ると次のとおりです。

事業区分 みなし仕入率 納付割合の目安
第1種(卸売業) 90% 売上税額の10%
第2種(小売業等) 80% 売上税額の20%
第3種(建設・製造業等) 70% 売上税額の30%
第4種(飲食業等) 60% 売上税額の40%
第5種(サービス業等) 50% 売上税額の50%
第6種(不動産業) 40% 売上税額の60%

たとえば第1種事業(卸売業)は売上税額の10%しか納税しないため、3割特例(30%)より明らかに有利です。一方、第6種(不動産業)は40%となるため、3割特例のほうが有利になります。

会計事務所として、令和9年・10年の2年間に3割特例を使いながら、令和11年分以降の課税方式をどうするか早めに試算・提案することが、クライアントへの付加価値につながります。


実務対応チェックリスト

  • [ ] クライアントが個人事業者かどうかを確認(法人は適用外)
  • [ ] インボイス発行事業者として登録済みかを確認
  • [ ] 基準期間(2年前)の課税売上高が1,000万円以下かを確認
  • [ ] 令和9年分・令和10年分に3割特例の適用可否を判断
  • [ ] 業種別みなし仕入率と比較し、簡易課税移行タイミングを試算
  • [ ] 簡易課税への移行を選ぶ場合、申告期限までに届出書を提出

まとめ

2割特例は令和8年分(2026年分)の申告を最後に終了します。個人事業者には後継措置として3割特例が令和9・10年分に用意されていますが、法人は対象外です。手続き上の負担は軽く、申告書への記載のみで適用できます。

ただし3割特例はあくまで2年間の時限措置です。その先の消費税申告方式(原則課税・簡易課税)への移行計画は、できれば令和9年の確定申告前後に一度クライアントと確認しておくことをお勧めします。

国税庁の令和8年度改正特設ページ
令和8年度税制改正特集
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には適用可否のフローチャートや動画解説、Q&Aも掲載されています。担当クライアントへの案内資料作成にも役立ててください。

免責事項

本記事は情報提供を目的としており、具体的な税務判断については必ず税理士等の専門家にご相談ください。また、税法は改正される場合があります。最新情報は国税庁等の公式サイトをご確認ください。

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